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fortran [Le 30/04/2021, 21:38]
vmagnin Ajout tag calcul_numérique
fortran [Le 09/06/2021, 12:05]
vmagnin [Compilateurs] typo
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   * Le compilateur commercial [[http://​www.pgroup.com/​resources/​docs.htm| PGI]] édité par [[wp>​The_Portland_Group]],​ qui devrait être remplacé prochainement par le compilateur [[https://​github.com/​flang-compiler/​flang|Flang]] intégré à LLVM.   * Le compilateur commercial [[http://​www.pgroup.com/​resources/​docs.htm| PGI]] édité par [[wp>​The_Portland_Group]],​ qui devrait être remplacé prochainement par le compilateur [[https://​github.com/​flang-compiler/​flang|Flang]] intégré à LLVM.
  
-gfortran est très utilisé par les scientifiques,​ bien que le compilateur Intel ifort puisse être plus performant sur certains problèmes ([[https://​polyhedron.com/?​page_id=175|voir une comparaison des différents compilateurs ici)]].+gfortran est très utilisé par les scientifiques,​ bien que le compilateur Intel ifort puisse être plus performant sur certains problèmes ([[https://​polyhedron.com/?​page_id=175|voir une comparaison des différents compilateurs ici)]]. Mais plutôt que de se fier aux benchmarks, qui se concentrent sur des problèmes spécifiques,​ il vaut mieux faire le test sur vos programmes. Il est de toute façon toujours conseillé de compiler ses programmes avec plusieurs compilateurs afin d'​obtenir un code plus robuste : un compilateur peut afficher des messages de diagnostique différents,​ et à l'​exécution certains bogues subtiles peuvent se révéler avec un compilateur mais pas un autre.
  
 Un autre compilateur prometteur est actuellement en développement : [[https://​lfortran.org/​|LFortran]],​ qui permettra de travailler en Fortran de façon interactive,​ à l'aide par exemple de Jupyter. Un autre compilateur prometteur est actuellement en développement : [[https://​lfortran.org/​|LFortran]],​ qui permettra de travailler en Fortran de façon interactive,​ à l'aide par exemple de Jupyter.
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 Mais le dépôt ''​universe''​ propose plusieurs autres versions : par exemple, dans Ubuntu 20.10 le dépôt ''​main''​ propose gfortran 10.2 et le dépôt ''​universe''​ les versions 9.3, 8.4 et 7.5. Or les versions avec un numéro de version mineure plus élevé sont déboguées depuis plus longtemps. En particulier,​ pour des calculs très longs, la dernière version n'est pas toujours la plus rapide. Il est donc intéressant d'​installer plusieurs versions et de les tester sur votre problème. ​ Mais le dépôt ''​universe''​ propose plusieurs autres versions : par exemple, dans Ubuntu 20.10 le dépôt ''​main''​ propose gfortran 10.2 et le dépôt ''​universe''​ les versions 9.3, 8.4 et 7.5. Or les versions avec un numéro de version mineure plus élevé sont déboguées depuis plus longtemps. En particulier,​ pour des calculs très longs, la dernière version n'est pas toujours la plus rapide. Il est donc intéressant d'​installer plusieurs versions et de les tester sur votre problème. ​
 +
 +=== Options de diagnostic ===
 +
 +  * ''​-std''​ permet de spécifier la norme à respecter, par exemple ''​-std=f2008''​ pour Fortran 2008. On peut lui associer l'​option ''​-pedantic''​ pour être encore plus strict.
 +  * ''​-Wall -Wextra''​ permettront d'​obtenir un maximum d'​avertissements lors de la compilation.
 +
 +=== Options d'​optimisation ===
  
 Exemple de commande avec optimisation poussée ''​-O3''​ (l'​exécutable est nommé par défaut ''​a.out''​) : Exemple de commande avec optimisation poussée ''​-O3''​ (l'​exécutable est nommé par défaut ''​a.out''​) :
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 gfortran -O3 test.f90 gfortran -O3 test.f90
 ./a.out ./a.out
 +</​code>​
 +
 +Parmi les [[https://​gcc.gnu.org/​onlinedocs/​gcc/​Optimize-Options.html|options d'​optimisation]] de gfortran, citons :
 +
 +  * ''​-Ofast''​ : permet d'​aller au-delà de ''​-O3'',​ mais ne respecte pas la norme Fortran de façon stricte.
 +  * ''​-Os''​ : permet de minimiser la taille de l'​exécutable. Cela peut en particulier être intéressant si l'​exécutable occupe en mémoire une place similaire à celle des caches du processeur, afin de réduire les allers-retours coûteux entre cache et mémoire vive.
 +
 +L'​option ''​-static-libgfortran''​ permet d'​utiliser [[https://​gcc.gnu.org/​onlinedocs/​gfortran/​Link-Options.html|la version statique de la librairie gfortran]], plutôt que la version partagée : cela peut permettre dans certains cas (à tester) de gagner un peu en vitesse (quelques pourcents) au détriment de la taille de l'​exécutable,​ qui va embarquer les fonctions de la librairie que vous utilisez. Cette option est compatible avec OpenMP et les coarrays, contrairement à l'​option ''​-static''​.
 +
 +Pour faire du calcul parallèle avec OpenMP, l'​option de compilation est ''​-fopenmp''​. Parmi les méthodes utilisables pour régler le nombre de //​threads,//​ on peut alors utiliser la variable d'​environnement (exemple avec ici 4 threads) :
 +<​code>​
 +export OMP_NUM_THREADS=4
 </​code>​ </​code>​
  
 === OpenCoarrays === === OpenCoarrays ===
  
-Contrairement à ifort, gfortran ne gère pas encore les cotableaux de façon native. Si vous voulez les utiliser vous aurez besoin d'​installer [[http://​www.opencoarrays.org/​|OpenCoarrays]], par exemple si vous voulez ​l'​installer dans un répertoire Logiciels de votre compte :+Contrairement à ifort, gfortran ne gère pas encore les cotableaux de façon native. Si vous voulez les utiliser vous aurez besoin d'​installer [[http://​www.opencoarrays.org/​|OpenCoarrays]] ​
 +<​code>​ 
 +sudo apt install libcoarrays-dev libcoarrays-mpich-dev 
 +</​code>​ 
 + 
 +Vous pouvez également ​l'​installer ​depuis les sources, par exemple ​dans un répertoire Logiciels de votre compte :
 <​code>​ <​code>​
 cd Logiciels cd Logiciels
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 ./​install.sh ./​install.sh
 </​code>​ </​code>​
-S'il vous propose d'​installer la librairie ​MPI [[https://​www.mpich.org/​|mpich]], acceptez. Sinon, OpenCoarrays peut également fonctionner avec [[https://​www.open-mpi.org/​|OpenMPI]].+S'il vous propose d'​installer la librairie [[https://​www.mpich.org/​|MPICH]], acceptez. Sinon, OpenCoarrays peut également fonctionner avec [[https://​www.open-mpi.org/​|OpenMPI]].
  
 Définissez ensuite les variables d'​environnement : Définissez ensuite les variables d'​environnement :
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 rm GPG-PUB-KEY-INTEL-SW-PRODUCTS.PUB rm GPG-PUB-KEY-INTEL-SW-PRODUCTS.PUB
 sudo add-apt-repository "deb https://​apt.repos.intel.com/​oneapi all main" sudo add-apt-repository "deb https://​apt.repos.intel.com/​oneapi all main"
 +sudo apt update
 sudo apt install intel-oneapi-compiler-fortran sudo apt install intel-oneapi-compiler-fortran
 source /​opt/​intel/​oneapi/​setvars.sh source /​opt/​intel/​oneapi/​setvars.sh
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 <​code>​man ifort</​code>​ <​code>​man ifort</​code>​
 +
 +L'​ajout d'​informations de débogage se fait avec l'​option ''​-g''​.
  
 Exemple de commande avec optimisation poussée ''​-O3''​ (l'​exécutable est nommé par défaut ''​a.out''​) : Exemple de commande avec optimisation poussée ''​-O3''​ (l'​exécutable est nommé par défaut ''​a.out''​) :
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 ./a.out ./a.out
 </​code>​ </​code>​
-===== Environnement de Développement Intégré ===== 
  
-Plusieurs IDE sont disponibles avec une configuration ​plus ou moins aisée en fonction du logicielCitons :+Parmi les options d'​optimisation,​ on citera également ''​-Ofast'',​ ainsi que ''​-xHost''​ pour choisir le jeu d'​instructions le plus élevé disponible sur le processeur de la machine.
  
-  * [[:​Geany]] ​+Pour utiliser OpenMP, l'​option de compilation est ''​-qopenmp''​. 
 + 
 +ifort supporte nativement la programmation parallèle à l'aide des cotableaux : il suffit d'​utiliser l'​option de compilation ''​-coarray''​. 
 + 
 +Parmi les méthodes utilisables pour régler le nombre de //​threads///​images,​ on peut alors utiliser ces variables d'​environnement (exemple avec ici 4 //​threads//​) : 
 +<​code>​ 
 +export OMP_NUM_THREADS=4 
 +export FOR_COARRAY_NUM_IMAGES=4 
 +</​code>​ 
 +===== Editeurs et Environnement de Développement Intégré ===== 
 + 
 +La plupart des éditeurs de texte disposent d'une coloration syntaxique pour le Fortran : [[:Kate]], [[apt>​gedit|gedit]], ​[[:Geany]], [[:vim]], [[:emacs]], etc. 
 + 
 +Les grands IDE gèrent également le Fortran : 
 + 
 +  * [[:​code_blocks|Code::​Blocks]] : il en existe une version [[https://​cbfortran.sourceforge.io/​|CBFortran]] dédiée au Fortran. ​
   * [[:​Eclipse]] avec le [[http://​www.eclipse.org/​photran/​|plugin Photran]] ​   * [[:​Eclipse]] avec le [[http://​www.eclipse.org/​photran/​|plugin Photran]] ​
   * [[:​KDevelop]] ​   * [[:​KDevelop]] ​
   * [[:​Anjuta]] ​   * [[:​Anjuta]] ​
-  * [[:​code_blocks|Code::​Blocks]] : voir [[http://​darmar.vgtu.lt/​]] ​ 
   * [[:​netbeans]] (cf [[http://​netbeans.org/​community/​releases/​67/​cpp-setup-instructions.html]])   * [[:​netbeans]] (cf [[http://​netbeans.org/​community/​releases/​67/​cpp-setup-instructions.html]])
  
  
-===== Débogueurs =====+===== Débogueurs ​et outils d'​analyse ​=====
  
-  * [[:gdb]], le débogueur GNU, débogue le fortran.  +On peut utiliser ​[[:gdb]], le débogueur GNU ou [[http://​en.wikipedia.org/​wiki/​Intel_Debugger|idb]] //(Intel Debugger).//​ 
-  * [[http://​en.wikipedia.org/​wiki/​Intel_Debugger|idb]] //(Intel Debugger).//​+ 
 +Avec gfortran, lors de la compilation on utilisera l'​option ''​-g''​ (mode debug) : 
 +<​code>​ 
 +gfortran -g test.f90 
 +gdb ./a.out 
 +</​code>​ 
 +Une fois dans gdb, on pourra exécuter le programme pas à pas avec les instructions suivantes : ''​start'',​ ''​next''​ (ne rentre pas dans les fonctions), ''​step''​ (rentre dans les fonctions), ''​finish''​ (pour continuer jusqu'​à la fin d'une fonction), ''​until n''​ (continue jusqu'​à la ligne n). Et afficher le contenu des variables avec : ''​display i'',​ ''​watch i'',​ ''​print i''​. L'​instruction ''​help''​ permettra d'​afficher l'aide de ces instructions. 
 + 
 +On peut activer toutes les vérifications (limites de tableau, dépassement de capacité...) pendant l'​exécution avec l'​option ''​-fcheck=all''​ de gfortran. 
 + 
 +Pour visualiser les appels système lors de l'​exécution,​ on peut utiliser [[apt>​strace]] :  
 +<​code>​ 
 +strace ./a.out 
 +</​code>​ 
 + 
 +Pour repérer les portions de code consommant le plus de temps processeur, on peut utiliser le profileur gprof du paquet [[apt>​binutils]]. Il faut compiler le programme avec l'​option ''​-pg''​ et ne pas activer d'​optimisation : 
 +<​code>​ 
 +gfortran -pg test.f90 
 +gprof ./a.out 
 +</​code>​
  
 ===== Gestionnaire de paquets Fortran fpm ===== ===== Gestionnaire de paquets Fortran fpm =====
  • fortran.txt
  • Dernière modification: Le 09/09/2021, 15:31
  • par 86.67.213.205