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fortran [Le 01/05/2021, 12:07]
vmagnin [GFortran] Options d'optimisation
fortran [Le 11/06/2021, 15:28] (Version actuelle)
vmagnin [Bibliothèques graphiques]
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   * Le compilateur commercial [[http://​www.pgroup.com/​resources/​docs.htm| PGI]] édité par [[wp>​The_Portland_Group]],​ qui devrait être remplacé prochainement par le compilateur [[https://​github.com/​flang-compiler/​flang|Flang]] intégré à LLVM.   * Le compilateur commercial [[http://​www.pgroup.com/​resources/​docs.htm| PGI]] édité par [[wp>​The_Portland_Group]],​ qui devrait être remplacé prochainement par le compilateur [[https://​github.com/​flang-compiler/​flang|Flang]] intégré à LLVM.
  
-gfortran est très utilisé par les scientifiques,​ bien que le compilateur Intel ifort puisse être plus performant sur certains problèmes ([[https://​polyhedron.com/?​page_id=175|voir une comparaison des différents compilateurs ici)]].+gfortran est très utilisé par les scientifiques,​ bien que le compilateur Intel ifort puisse être plus performant sur certains problèmes ([[https://​polyhedron.com/?​page_id=175|voir une comparaison des différents compilateurs ici)]]. Mais plutôt que de se fier aux benchmarks, qui se concentrent sur des problèmes spécifiques,​ il vaut mieux faire le test sur vos programmes. Il est de toute façon toujours conseillé de compiler ses programmes avec plusieurs compilateurs afin d'​obtenir un code plus robuste : un compilateur peut afficher des messages de diagnostique différents,​ et à l'​exécution certains bogues subtiles peuvent se révéler avec un compilateur mais pas un autre.
  
 Un autre compilateur prometteur est actuellement en développement : [[https://​lfortran.org/​|LFortran]],​ qui permettra de travailler en Fortran de façon interactive,​ à l'aide par exemple de Jupyter. Un autre compilateur prometteur est actuellement en développement : [[https://​lfortran.org/​|LFortran]],​ qui permettra de travailler en Fortran de façon interactive,​ à l'aide par exemple de Jupyter.
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 Mais le dépôt ''​universe''​ propose plusieurs autres versions : par exemple, dans Ubuntu 20.10 le dépôt ''​main''​ propose gfortran 10.2 et le dépôt ''​universe''​ les versions 9.3, 8.4 et 7.5. Or les versions avec un numéro de version mineure plus élevé sont déboguées depuis plus longtemps. En particulier,​ pour des calculs très longs, la dernière version n'est pas toujours la plus rapide. Il est donc intéressant d'​installer plusieurs versions et de les tester sur votre problème. ​ Mais le dépôt ''​universe''​ propose plusieurs autres versions : par exemple, dans Ubuntu 20.10 le dépôt ''​main''​ propose gfortran 10.2 et le dépôt ''​universe''​ les versions 9.3, 8.4 et 7.5. Or les versions avec un numéro de version mineure plus élevé sont déboguées depuis plus longtemps. En particulier,​ pour des calculs très longs, la dernière version n'est pas toujours la plus rapide. Il est donc intéressant d'​installer plusieurs versions et de les tester sur votre problème. ​
 +
 +=== Options de diagnostic ===
 +
 +  * ''​-std''​ permet de spécifier la norme à respecter, par exemple ''​-std=f2008''​ pour Fortran 2008. On peut lui associer l'​option ''​-pedantic''​ pour être encore plus strict.
 +  * ''​-Wall -Wextra''​ permettront d'​obtenir un maximum d'​avertissements lors de la compilation.
 +
 +=== Options d'​optimisation ===
  
 Exemple de commande avec optimisation poussée ''​-O3''​ (l'​exécutable est nommé par défaut ''​a.out''​) : Exemple de commande avec optimisation poussée ''​-O3''​ (l'​exécutable est nommé par défaut ''​a.out''​) :
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   * ''​-Os''​ : permet de minimiser la taille de l'​exécutable. Cela peut en particulier être intéressant si l'​exécutable occupe en mémoire une place similaire à celle des caches du processeur, afin de réduire les allers-retours coûteux entre cache et mémoire vive.   * ''​-Os''​ : permet de minimiser la taille de l'​exécutable. Cela peut en particulier être intéressant si l'​exécutable occupe en mémoire une place similaire à celle des caches du processeur, afin de réduire les allers-retours coûteux entre cache et mémoire vive.
  
 +L'​option ''​-static-libgfortran''​ permet d'​utiliser [[https://​gcc.gnu.org/​onlinedocs/​gfortran/​Link-Options.html|la version statique de la librairie gfortran]], plutôt que la version partagée : cela peut permettre dans certains cas (à tester) de gagner un peu en vitesse (quelques pourcents) au détriment de la taille de l'​exécutable,​ qui va embarquer les fonctions de la librairie que vous utilisez. Cette option est compatible avec OpenMP et les coarrays, contrairement à l'​option ''​-static''​.
 +
 +Pour faire du calcul parallèle avec OpenMP, l'​option de compilation est ''​-fopenmp''​. Parmi les méthodes utilisables pour régler le nombre de //​threads,//​ on peut alors utiliser la variable d'​environnement (exemple avec ici 4 threads) :
 +<​code>​
 +export OMP_NUM_THREADS=4
 +</​code>​
  
 === OpenCoarrays === === OpenCoarrays ===
  
-Contrairement à ifort, gfortran ne gère pas encore les cotableaux de façon native. Si vous voulez les utiliser vous aurez besoin d'​installer [[http://​www.opencoarrays.org/​|OpenCoarrays]], par exemple si vous voulez ​l'​installer dans un répertoire Logiciels de votre compte :+Contrairement à ifort, gfortran ne gère pas encore les cotableaux de façon native. Si vous voulez les utiliser vous aurez besoin d'​installer [[http://​www.opencoarrays.org/​|OpenCoarrays]] ​
 +<​code>​ 
 +sudo apt install libcoarrays-dev libcoarrays-mpich-dev 
 +</​code>​ 
 + 
 +Vous pouvez également ​l'​installer ​depuis les sources, par exemple ​dans un répertoire Logiciels de votre compte :
 <​code>​ <​code>​
 cd Logiciels cd Logiciels
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 ./​install.sh ./​install.sh
 </​code>​ </​code>​
-S'il vous propose d'​installer la librairie ​MPI [[https://​www.mpich.org/​|mpich]], acceptez. Sinon, OpenCoarrays peut également fonctionner avec [[https://​www.open-mpi.org/​|OpenMPI]].+S'il vous propose d'​installer la librairie [[https://​www.mpich.org/​|MPICH]], acceptez. Sinon, OpenCoarrays peut également fonctionner avec [[https://​www.open-mpi.org/​|OpenMPI]].
  
 Définissez ensuite les variables d'​environnement : Définissez ensuite les variables d'​environnement :
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 rm GPG-PUB-KEY-INTEL-SW-PRODUCTS.PUB rm GPG-PUB-KEY-INTEL-SW-PRODUCTS.PUB
 sudo add-apt-repository "deb https://​apt.repos.intel.com/​oneapi all main" sudo add-apt-repository "deb https://​apt.repos.intel.com/​oneapi all main"
 +sudo apt update
 sudo apt install intel-oneapi-compiler-fortran sudo apt install intel-oneapi-compiler-fortran
 source /​opt/​intel/​oneapi/​setvars.sh source /​opt/​intel/​oneapi/​setvars.sh
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 <​code>​man ifort</​code>​ <​code>​man ifort</​code>​
 +
 +L'​ajout d'​informations de débogage se fait avec l'​option ''​-g''​.
  
 Exemple de commande avec optimisation poussée ''​-O3''​ (l'​exécutable est nommé par défaut ''​a.out''​) : Exemple de commande avec optimisation poussée ''​-O3''​ (l'​exécutable est nommé par défaut ''​a.out''​) :
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 ifx -O3 test.f90 ifx -O3 test.f90
 ./a.out ./a.out
 +</​code>​
 +
 +Parmi les options d'​optimisation,​ on citera également ''​-Ofast'',​ ainsi que ''​-xHost''​ pour choisir le jeu d'​instructions le plus élevé disponible sur le processeur de la machine.
 +
 +Pour utiliser OpenMP, l'​option de compilation est ''​-qopenmp''​.
 +
 +ifort supporte nativement la programmation parallèle à l'aide des cotableaux : il suffit d'​utiliser l'​option de compilation ''​-coarray''​.
 +
 +Parmi les méthodes utilisables pour régler le nombre de //​threads///​images,​ on peut alors utiliser ces variables d'​environnement (exemple avec ici 4 //​threads//​) :
 +<​code>​
 +export OMP_NUM_THREADS=4
 +export FOR_COARRAY_NUM_IMAGES=4
 </​code>​ </​code>​
 ===== Editeurs et Environnement de Développement Intégré ===== ===== Editeurs et Environnement de Développement Intégré =====
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 </​code>​ </​code>​
 Une fois dans gdb, on pourra exécuter le programme pas à pas avec les instructions suivantes : ''​start'',​ ''​next''​ (ne rentre pas dans les fonctions), ''​step''​ (rentre dans les fonctions), ''​finish''​ (pour continuer jusqu'​à la fin d'une fonction), ''​until n''​ (continue jusqu'​à la ligne n). Et afficher le contenu des variables avec : ''​display i'',​ ''​watch i'',​ ''​print i''​. L'​instruction ''​help''​ permettra d'​afficher l'aide de ces instructions. Une fois dans gdb, on pourra exécuter le programme pas à pas avec les instructions suivantes : ''​start'',​ ''​next''​ (ne rentre pas dans les fonctions), ''​step''​ (rentre dans les fonctions), ''​finish''​ (pour continuer jusqu'​à la fin d'une fonction), ''​until n''​ (continue jusqu'​à la ligne n). Et afficher le contenu des variables avec : ''​display i'',​ ''​watch i'',​ ''​print i''​. L'​instruction ''​help''​ permettra d'​afficher l'aide de ces instructions.
 +
 +On peut activer toutes les vérifications (limites de tableau, dépassement de capacité...) pendant l'​exécution avec l'​option ''​-fcheck=all''​ de gfortran.
  
 Pour visualiser les appels système lors de l'​exécution,​ on peut utiliser [[apt>​strace]] :  Pour visualiser les appels système lors de l'​exécution,​ on peut utiliser [[apt>​strace]] : 
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 ===== Bibliothèques graphiques ===== ===== Bibliothèques graphiques =====
  
-Fortran ne dispose pas d'​instructions graphiques. La visualisation des résultats se fait soit avec des programmes externes comme [[gnuplot]] ou [[apt>​paraview|ParaView]], ​soit avec des bibliothèques graphiques, comme par exemple :+Fortran ne dispose pas d'​instructions graphiques. La visualisation des résultats ​peut se faire avec des programmes externes comme [[gnuplot]] ou [[apt>​paraview|ParaView]], ​ou des bibliothèques graphiques, comme par exemple :
   * [[apt>​libplot-dev libplplotfortran0|PLplot]],​   * [[apt>​libplot-dev libplplotfortran0|PLplot]],​
   * [[https://​github.com/​vmagnin/​gtk-fortran/​wiki|gtk-fortran]] qui permet de créer des interfaces GTK en Fortran,   * [[https://​github.com/​vmagnin/​gtk-fortran/​wiki|gtk-fortran]] qui permet de créer des interfaces GTK en Fortran,
   * [[https://​github.com/​kookma/​ogpf|ogpf]] qui permet d'​appeler simplement gnuplot depuis un programme en Fortran, grâce à son interface orientée objet. Il peut être installé en tant que paquet fpm.   * [[https://​github.com/​kookma/​ogpf|ogpf]] qui permet d'​appeler simplement gnuplot depuis un programme en Fortran, grâce à son interface orientée objet. Il peut être installé en tant que paquet fpm.
  
 +Un programme Fortran peut également générer facilement des fichiers graphiques au format [[https://​fr.wikipedia.org/​wiki/​Portable_pixmap|Portable pixmap (PPM)]] (voir cet [[https://​github.com/​certik/​fortran-utils/​blob/​master/​src/​ppm.f90|exemple]]).
 ===== Liens ===== ===== Liens =====
   * La page française [[wpfr>​Fortran|Fortran]] fournit de nombreuses informations,​ liens et références bibliographiques concernant le Fortran.   * La page française [[wpfr>​Fortran|Fortran]] fournit de nombreuses informations,​ liens et références bibliographiques concernant le Fortran.
  • fortran.1619863653.txt.gz
  • Dernière modification: Le 01/05/2021, 12:07
  • par vmagnin