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Gnuplot
Introduction
Gnuplot est un package Debian qui est normalement installé par défaut sur la version Dapper, et donc certainement sous Edgy… Ce dernier est une puissante interface pour la représentation graphique de données provenant d'un fichier texte. Par exemple, dans un processus de calcul numérique, il est souvent intéressant de stocker régulièrement les paramètres principaux du schéma (Erreur, résidu, n° de l'itération, différents indices,…). Le plus simple étant de génerer un fichier texte associé au calcul, dans lequel on range les données par colonne.
Pour lancer Gnuplot, dans un terminal, taper :
gnuplot
Gnuplot se lance alors directement dans la fenêtre active du terminal, et on obtient quelquechose qui ressemble à ça :
alarat@troll:~/High_Order$ gnuplot G N U P L O T Version 4.0 patchlevel 0 last modified Thu Apr 15 14:44:22 CEST 2004 System: Linux 2.6.15-27-686 Copyright (C) 1986 - 1993, 1998, 2004 Thomas Williams, Colin Kelley and many others This is gnuplot version 4.0. Please refer to the documentation for command syntax changes. The old syntax will be accepted throughout the 4.0 series, but all save files use the new syntax. Type `help` to access the on-line reference manual. The gnuplot FAQ is available from http://www.gnuplot.info/faq/ Send comments and requests for help to <gnuplot-info@lists.sourceforge.net> Send bugs, suggestions and mods to <gnuplot-bugs@lists.sourceforge.net> Terminal type set to 'x11' gnuplot>
Si vous n'obtenez pas ça, c'est que Gnuplot n'est pas (est mal) installé.
Installer Gnuplot
Pour installer Gnuplot, vous avez plusieurs choix :
A partir des sources
Vous êtes fort et vous voulez profiter des options de complétion et d'historique. C'est pour cette raison que j'ai écrit ce doc. Réferez vous à la section Completion Bash et Historique.
Par Synaptics
Dans Synaptics, chercher Gnuplot, et installer. Si vous ne connaissez pas Synaptic, lisez ça
Par ligne de commande
Dans un terminal, tapez :
sudo apt-get install gnuplot
puis donnez le password de votre compte utilisateur
Utiliser Gnuplot
Je ne suis pas un spécialiste du logiciel. J'ai surtout écrit la doc pour la dernière partie, car j'ai pas mal galéré pour y arriver, vu le manque d'informations sur le web.
Si vous passez sur cette page et en connaissez un peu plus, merci d'éditer…
Sinon, pour toute info pointue, se référer au site officiel de Gnuplot.
Directement dans un terminal
Après avoir lancé Gnuplot, on obtient alors la ligne de commande suivante :
gnuplot>
Pour créer un graphe, dans cette ligne taper la commande :
plot 'adresse_du_fichier_a_ploter' using colonne_valeurs_abscisse:colonne_valeurs_ordonnee
L'option 'using' peut être raccourcie en 'u'. Par défaut, Gnuplot représente un nuage de points. Pour obtenir une ligne brisée, il faut ajouter l'option 'with lines', qui dans sa version raccourcie devient 'w l'.
Ainsi, pour afficher la ligne brisée représentant la cinquième colonne en fonction de la première colonne du fichier "Resultats", se trouvant dans le dossier père du dossier dans lequel on a lancé Gnuplot, on doit taper la commande :
plot '../Resultats' u 1:5 w l
Il s'ouvre alors une nouvelle fenêtre pour l'affichage du graphique.
Maintenant, si on veut rajouter le nuage de points représentant la troisième colonne en fonction de la deuxième colonne du fichier "Nouveau_Resultats" du dossier courant, sur cette même représentation graphique, il faut taper la commande :
plot '../Resultats' u 1:5 w l, 'NouveauResultats' u 2:3
J'ai découvert récemment qu'il existe des raccourcis clavier pour activer des options directement sur la fenêtre de représentation graphique. Ainsi, si l'on tape 'l', on obtient une représentation logarithmique en ordonnée, et si l'on tape 'Maj+L', on obtient une représentation logarithmique en l'abscisse la plus proche du curseur de la souris. Pour plus d'info sur les raccourcis :
man gnuplot
Avec un fichier de config
En fait Gnuplot est un logiciel extrêment puissant pour la représentation de données, puisqu'il est conçu pour lancer des sortes de scripts. On peut donc, dans un fichier de configuration, rentrer des lignes de commandes Gnuplot qui permettent de lancer des actions en cascades sur un même fichier. Pour l'instant, je n'ai pas encore eu l'occasion de me servir de ces propriétés.
Il serait peut-être bien de référencer ici les lignes de commandes principales pour faire de jolies représentations graphiques. Si vous êtes expert, merci de contribuer. Sinon, vous pouvez aller vous renseigner sur le web et faire part de vos découvertes ici. A suivre…
il est possible de donner un nom aux axes et un titre au graphique en envoyant a
gnuplot load nom_du_fichier_config
Ce fichier pourrait par exemple contenir :
set title ' Flux en fonction du temps: ' set xlabel ' Temps (jj/mm) / (HH/MM)' set ylabel ' Flux ' set xdata time set timefmt "%d%m%H%M" set format x "%d/%m\n%H/%M" plot "flux.flx" using 1:2 with lines
A partir d'un programme en 'C'
voici un exemple:
#include <stdio.h> #include <stdlib.h> #define GNUPLOT_PATH "/usr/bin/gnuplot" int main() { FILE *gp; gp = popen(GNUPLOT_PATH, "w"); if(gp == NULL){ fprintf(stderr, "Oops, I can't find %s.", GNUPLOT_PATH); exit(EXIT_FAILURE); } fprintf(gp, "cd '/home/yoann/Desktop/prog/test/gnuplotest'\n load config\n"); fflush(gp); /* On oublie pas le buffer. */ getchar(); pclose(gp); exit(EXIT_SUCCESS); }
Complétion Bash et Historique
Démarche
J'ai écrit ce Tuto, parce que j'ai cherché à pouvoir profiter de la complétion et de l'historique dans Gnuplot, quand celui-ci est utilisé en mode terminal. On m'a dit que c'était tout à fait possible (ces options sont notamment par défaut dans SuSE), mais je n'ai trouvé que très peu de doc sur le web, même en anglais !
Ces deux options ne sont pas mises par défaut dans Ubuntu, car Gnuplot est disponible sous une licence spéciale, qui interdit sa distribution après modification. Il serait ainsi illégal que je mette ici un lien vers mon package recompilé à partir des sources de Gnuplot. Par contre, ce tuto est tout à fait autorisé, et vous avez le droit de suivre ses instructions pour une utilisation personelle du logiciel !
Pour activer la complétion et l'historique de Gnuplot en mode terminal, il vous faudra télécharger les sources du logiciel, puis les recompiler avec les options nécessaires, en faisant bien attention aux dépendances requises. Vous obtiendrez alors un nouveau package qu'il vous suffira d'installer sur votre distribution. Enfin, il faudra bloquer la version de votre nouveau Gnuplot, afin que vos gestionnaires de mise-à-jour ne détruisent pas votre travail à chaque upgrade.
Sources
Avant de télécharger les sources, bien verifier d'abord que /etc/apt/sources.list contient l'adresse des dépôts "sources" officiels, c'est à dire :
## Depots "source" officiels deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ dapper main restricted universe multiverse deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ dapper-updates main restricted universe multiverse deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ dapper-security main restricted universe multiverse deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ dapper-backports main restricted universe multiverse
Si non, alors dans un terminal, taper :
sudo cp /etc/apt/sources.list /etc/apt/sources.list.bak
Cette dernière ligne permet de créer un sauvegarde. Ainsi, si vous faîtes une connerie, vous pourrez revenir à la configuration initiale avec :
sudo cp /etc/apt/sources.list.bak /etc/apt/sources.list
Puis :
sudo gedit /etc/apt/sources.list
Y copier les lignes ci-dessus, enregistrer, fermer et recharger les dépôts par la commande :
sudo apt-get update
On peut maintenant charger les sources. Se placer dans /usr/local/src (ceci n'est pas obligatoire) et y télécharger les sources de Gnuplot :
cd /usr/local/src sudo apt-get source gnuplot
Nouveau package Gnuplot
Tout d'abord, installer la librairie readline et les dépendances qui permettront de compiler le package Gnuplot avec les options de complétion et d'historique :
sudo apt-get install libreadline5 libreadline5-dev libxt-dev libgd2-noxpm-dev debhelper texinfo
Puis aller dans le répertoire /etc/apt/src/gnuplot-*.*.*/debian/ (les étoiles correspondant à la version) :
cd /usr/local/src/gnuplot-*.*.*/debian/
Editer le fichier 'rules' :
sudo gedit rules
et remplacer l'option –without-gnu-readline par –with-readline=gnu. Ceci active la complétion. Pour l'historique, ajouter dans la même ligne l'option : –enable-history-file.
On obtient ainsi le paragraphe :
config.status: configure dh_testdir # Add here commands to configure the package. ./configure $(confflags) CFLAGS="$(CFLAGS)" \ --prefix=/usr --mandir=\$${prefix}/share/man \ --infodir=\$${prefix}/share/info \ --datadir=\$${prefix}/share/gnuplot \ --libexecdir=\$${prefix}/lib/gnuplot \ --with-readline=gnu --enable-history-file --without-lasergnu \ --with-png --with-gd --without-lisp-files \ --without-linux-vga --with-gihdir=\$${prefix}/share/gnuplot
Remonter dans le dossier père et compiler le package :
cd .. sudo dpkg-buildpackage
Il est tout à fait possible qu'il vous manque encore des dépendances. Dans ce cas, le compilateur stoppe au bout de très peu de temps. Il vous suffit alors de lire attentivement les messages d'erreurs pour savoir quelles dépendances vous manquent, les installer, et recompiler. La compilation prend quelques minutes (suivant les architectures…). Merci de signaler d'éventuelles difficultés.
Installer le nouveau package
Remonter encore d'un dossier et installer le nouveau paquet :
cd .. sudo dpkg -i gnuplot-*.deb
Les fichiers .deb sont les fichiers du nouveau package Gnuplot. Conservez les précieusement, car Gnuplot rentre désormais en conflit avec vos gestionnaires de mise-à-jour. En effet, ils considèrent que votre nouvelle version de Gnuplot est antérieure à celle disponible sur les dépots. Il est possible que par une fausse manipulation vous remettiez à jour Gnuplot. Vous perderiez alors la completion et l'historique. Vous pourrez les remettre en service grâce à :
cd /usr/local/src/ sudo dpkg -i gnuplot-*.deb
La seule parade au problème que j'ai pu trouvée et de poser un 'hold' sur le paquet 'gnuplot-nox' dans mon gestionnaire de mise-à-jour. Ou de déselectionner manuellement le package 'gnuplot-nox' à chaque mise-à-jour. Si quelqu'un a une autre solution, merci de m'en faire part sur mon adresse mail visible sur mon profil. Et, bien sûr, d'éditer ce tuto !
Bloquer les mises à jour
Je viens de passer pas mal de temps à comprendre comment bloquer un package à sa version actuelle, et ainsi ne pas le corrompre par une mise à jour. Il n'y a apparement pas de doc sur ce site à ce propos. C'est fort dommage, et je ne suis certainement pas assez fort pour en faire une. J'ai cependant une solution :
J'ai d'abord essayé de poser un 'hold' sur mes paquets Gnuplot dans aptitude. Puis par l'interface graphique Synaptic. Toujours le même problème : gnuplot-nox apparaissait systématiquement dans mes gestionnaires de mise-à-jour (quels qu'ils soient). La solution : dselect.
Il n'y a pour l'instant pas de doc sur dselect sur ce site web, c'est pourquoi la méthode ci-dessous reste encore assez mystérieuse.
dans un terminal, taper :
sudo dselect
On obtient l'interface suivante :
Debian `dselect' package handling frontend. 0. [A]ccess Choose the access method to use. 1. [U]pdate Update list of available packages, if possible. * 2. [S]elect Request which packages you want on your system. 3. [I]nstall Install and upgrade wanted packages. 4. [C]onfig Configure any packages that are unconfigured. 5. [R]emove Remove unwanted software. 6. [Q]uit Quit dselect. Move around with ^P and ^N, cursor keys, initial letters, or digits; Press <enter> to confirm selection. ^L redraws screen. Version 1.13.11 (i386). Copyright (C) 1994-1996 Ian Jackson. Copyright (C) 2000,2001 Wichert Akkerman. This is free software; see the GNU General Public Licence version 2 or later for copying conditions. There is NO warranty. See dselect --licence for details.
- Se placer sur la ligne 2. (avec les flèches directionnelles ou en tapant sur 'S').
- Taper 'Entrée'.
- Taper sur la barre d'espace pour quitter l'aide.
Vous êtes maintenant dans le gestionnaire de paquet dselect :
- Taper '/' (Maj+'/') pour effectuer une recherche
- Rechercher 'gnuplot'
- La touche 'n' permet de se déplacer d'un package contenant la chaine de caractère 'gnuplot' à un autre. Se déplacer jusqu'à ces trois lignes :
─────── Up-to-date Optional packages in section universe/math ─────── *** Opt universe gnuplot 4.0.0-2.1 4.0.0-2.1 A command-line driven interactive plotting program *** Opt universe gnuplot-nox 4.0.0-2.1 4.0.0-2.1 A command-line driven interactive plotting program *** Opt universe gnuplot-x11 4.0.0-2.1 4.0.0-2.1 X11-terminal driver for gnuplot
Les trois étoiles en début de ligne marquent l'état d'installation des packages. Il s'agit maintenant de les bloquer à la mise à jour.
- Se placer sur chacune des lignes et taper '='. Cette action 'hold' les packages à leur version actuelle
- On obtient alors :
─────── Up-to-date Optional packages in section universe/math ─────── *== Opt universe gnuplot 4.0.0-2.1 4.0.0-2.1 A command-line driven interactive plotting program *== Opt universe gnuplot-nox 4.0.0-2.1 4.0.0-2.1 A command-line driven interactive plotting program *== Opt universe gnuplot-x11 4.0.0-2.1 4.0.0-2.1 X11-terminal driver for gnuplot
Il faut maintenant quitter dselect :
- Taper 'Entrée'.
- Normalement, on arrive dans l'aide qui vous demande de taper sur 'space' pour quitter. Taper sur la barre d'espace.
- Taper à nouveau sur 'Entrée'.
- On est revenu au menu initial. Descendre à la ligne 6. par les flèches ou en tapant 'Q'
- C'est gagné. Normalement aucun des gestionnaires de mise-à-jour n'accepte de mettre Gnuplot à jour
Contributeur : laden; hanuman.