R, un projet de calcul statistique

The R Project for Statistical Computing http://www.r-project.org/

R est un logiciel libre permettant de faire des calculs statistiques (test de Student, Anova, ACP, Chi2, etc.), et de visualiser les résultats sous forme de graphiques, voir de rapports d'analyses complets. C'est aussi un langage de script, permettant d'écrire des programmes d'analyses statistiques complexes. C'est un logiciel en ligne de commande, mais de nombreux projets d'applications graphiques dédiés sont développés autour de R.

L'installation de R est très simple : il suffit d'installer le paquet r-base. R dispose de nombreuses fonctions supplémentaires disponibles sous la forme de paquets téléchargeables (un peu comme ubuntu). Pour pouvoir installer certains de ces paquets, il vous faut de quoi les compiler. C'est pourquoi il est aussi conseillé d'installer le paquet r-base-dev.

Installer le paquet r-base en cliquant sur son lien r-base depuis un navigateur qui gère APT (Firefox par exemple). R est alors installé sur votre ordinateur mais vous ne voyez rien car il n'y a pas d'interface graphique. Pour l'interface, allez dans Synaptic et installez le paquet r-cran-rcmdr. Vous avez maintenant une interface graphique qu'on lance depuis un terminal avec:

~$ R
> library(Rcmdr)

Sous Dapper, une manipulation en plus :

Éditer le fichier des polices X11 /etc/X11/xorg.conf et rajouter dans la section « "Files" » à la suite des « FontPath » :

FontPath        "/usr/share/fonts/X11/misc"
FontPath        "/usr/share/fonts/X11/100dpi/:unscaled"
FontPath        "/usr/share/fonts/X11/75dpi/:unscaled"
FontPath        "/usr/share/fonts/X11/Type1"
FontPath        "/usr/share/fonts/X11/100dpi"
FontPath        "/usr/share/fonts/X11/75dpi"

Sauvegarder puis redémarrez.

(disponible depuis la Dapper ) (Il n'y a pas de version 64 bits sous Dapper…)

Pour avoir la dernière version de R,

Ajoutez le dépôt suivant à vos sources de mise à jour (et rechargez la liste des paquets) :

deb my.favorite.cran.mirror/bin/linux/ubuntu ubuntu_name/

où my.favorite.cran.mirror est l'adresse du miroir disponible sur le site de CRAN et ubuntu_name est le nom de votre distribution Ubuntu.

Exemple : pour une Feisty depuis le miroir de Lyon :

#CRAN-mirror for R
deb http://cran.univ-lyon1.fr/bin/linux/ubuntu feisty/

Ensuite, installez le paquet r-base et répondez positivement à toutes les questions si vous désirez la dernière version.

Afin de faciliter les mises à jour via l'interface graphique, il est possible d'enregistrer la clé d'authentification. Pour cela, taper dans un terminal :

gpg --keyserver subkeys.pgp.net --recv-key E2A11821
gpg -a --export E2A11821 | sudo apt-key add -

RKward est une interface graphique de R pour KDE. Installez le paquet rkward pour en bénéficier.

Rcmdr est une interface graphique indépendante du système d'exploitation. Installez le paquet r-cran-rcmdr pour en bénéficier. Puis lancer R en mode administrateur:

sudo R
library(Rcmdr)

Vous pourrez ensuite faire les mises à jours nécessaires des bibliothèques.

• En ligne de commande: R
• Avec l'interface KDE: Lancez RKward.
• Avec l'interface graphique R commander (Rcmdr): il faut ouvrir un terminal, lancer R puis charger Rcmdr :

~$ R
> library(Rcmdr)

D'une façon générale, un grand nombre de bibliothèques est disponible dans les dépôts. Pour les charger dans R, rien de plus simple. Par exemple, pour charger la librairie RQuantLib :

> library(RQuantLib);

Enfin, pour exécuter un script R (appelons-le test.R),

> setwd("/le/chemin/de/mon/script");
> source("test.R");

Ou alors en dehors du programme R directement depuis la console:

~$ Rscript /chemin/test.R

• Un manuel assez complet est disponible ici.
• Une introduction au système R est disponible ici.
• Un manuel de programmation en S est disponible ici.

Vous trouverez la documentation officielle ici.

• Site Web : http://www.r-project.org/
• http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README

Contributeurs : dkieffer, utodeb, eusèbe, hector.