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FAH : Folding@Home
Installation, paramétrage et lancement automatique de Folding@Home.
Introduction
Folding@Home est un projet de distribution de données à plusieurs ordinateurs qui étudie le repliement des protéines, les repliements anormaux, l’agrégation des protéines, et les maladies liées. L'idée est d'utiliser des méthodes informatiques nouvelles et une répartition des données aux ordinateurs dit "distribués" à grande échelle pour simuler des échelles de temps des milliers voire des millions de fois plus longues que celles qu’on réalisait auparavant. Cela nous a permis de simuler un repliement pour la première fois, et de mener désormais notre recherche vers l’étude des maladies associées.
Installation et parametrage
Installation
- Par exemple dans /home/[utilisateur]/fah
mkdir ~/fah
- Télécharger le client F@H dans le dossier nouvellement créé
cd ~/fah wget http://www.stanford.edu/group/pandegroup/release/FAH504-Linux.exe
- Changer les droits du fichier
chmod +x FAH504-Linux.exe
- Exécuter le programme afin de paramétrer F@H (Liste des équipes, Alliance Francophone: 51 ou Linux: 163 ou …)
./FAH504-Linux.exe -configonly
- Entrer les infos requises
Création du fichier de demarrage automatique
- Créer un fichier nommé fah dans le dossier /etc/init.d
sudo gedit /etc/init.d/fah
- Maintenant, copier les infos suivantes à l'intérieur
#!/bin/sh # /etc/init.d/fah for Ubuntu # Start/stop/restart the F@H service. export FAH_HOME=~/fah fah_start() { if [ -x "$FAH_HOME/startfah.sh" ]; then echo "Starting F@H: $FAH_HOME/startfah.sh" "$FAH_HOME/startfah.sh" fi } fah_stop() { sudo killall FAH504-Linux.exe } fah_restart() { fah_stop sleep 2 fah_start } case "$1" in 'start') fah_start ;; 'stop') fah_stop ;; 'restart') fah_restart ;; *) fah_start esac
Sauvegarder et fermer gedit.
- Changer les droits du fichier
sudo chmod +x /etc/init.d/fah
Démarrage automatique au lancement d'Ubuntu
- Maintenant, nous allons créer le script startfah.sh
gedit ~/fah/startfah.sh
- Copier les informations suivantes à l'intérieur
#!/bin/sh export FAH_HOME=~/fah cd $FAH_HOME $FAH_HOME/FAH504-Linux.exe >/dev/null 2>&1 & exit 0
Vous pouvez ajouter les paramètres -forceasm et -advmethods ou d'autres …
Plus d'infos sur (en anglais) : http://www.liquidninjas.com/bbs/showthread.php?t=3270
- Changer les droits du fichier
chmod +x ~/fah/startfah.sh
- Etape finale, créer un lien dans /etc/rc2.d
sudo ln -s /etc/init.d/fah /etc/rc2.d/S99fah
Pour tester le script, rebooter ou entrer la commande :
sudo /etc/init.d/fah start
Lancer le moniteur système, l'utilisation CPU doit être a 100% !!!
Remarques
- 1- Si le programme ne se lance pas à la session suivante, revérifier chacune des étapes. Si tout est correct, essayer la manipulation suivante:
sudo apt-get install bum
Ensuite, aller dans Système→Administration→BootUp Manager Vérifier que le script fah soit bien présent dans la liste et coché. On peut également démarrer/arrêter le service depuis ce programme si besoin.
Une fois coché, valider les changements et relancer la session. Le programme Folding@Home devrait se lancer.
- 2- Si le programme ne se lance toujours pas, modifier le script "startfah.sh".
Supprimer "export FAH_HOME=~/fah"
Remplacer tout les "$FAH_HOME" par l'emplacement exacte du dossier F@H, c'est à dire : "/home/[utilisateur]/fah" (évidement, [utilisateur] est a remplacer par la bonne valeur)
Relancer le script
Contributeur : Traduit/Rédigé par dukiclock Remarques et commentaires sur le forum Ubuntu-fr.