Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
| Les deux révisions précédentes Révision précédente Prochaine révision | Révision précédente | ||
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r [Le 22/10/2008, 15:20] 213.95.41.13 ancienne révision restaurée |
r [Le 11/09/2022, 11:08] (Version actuelle) moths-art Suppression des espaces en fin de ligne (détecté et corrigé via le bot wiki-corrector (https://forum.ubuntu-fr.org/viewtopic.php?id=2067892) |
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| Ligne 1: | Ligne 1: | ||
| - | {{tag>Dapper Gutsy éducation calcul_numérique}} | + | {{tag>Xenial Bionic éducation calcul_numérique}} |
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| Ligne 6: | Ligne 6: | ||
| //The R Project for Statistical Computing// | //The R Project for Statistical Computing// | ||
| - | http://www.r-project.org/ | ||
| - | **R** est un logiciel libre permettant de faire des calculs statistiques (test de Student, Anova, ACP, Chi2, etc.), et de visualiser les résultats sous forme de graphiques, voir de rapports d'analyses complets. C'est aussi un langage de script, permettant d'écrire des programmes d'analyses statistiques complexes. C'est un logiciel en ligne de commande, mais de nombreux projets d'applications graphiques dédiés sont développés autour de R. | ||
| - | ===== Installation ===== | + | **R** est un logiciel libre permettant de faire des calculs statistiques (test de Student, Anova, ACP, Chi2, régressions, etc.) et de visualiser les résultats sous forme de graphiques, voire de rapports d'analyses complets. C'est aussi un langage de script, permettant d'écrire des programmes d'analyses statistiques complexes. C'est un logiciel en ligne de commande mais de nombreux projets d'applications graphiques dédiés sont développés autour de R. |
| + | ===== Pré-requis ===== | ||
| + | |||
| + | * Disposer des [[:sudo|droits d'administration]]. | ||
| + | * Disposer d'une connexion à Internet configurée et activée. | ||
| - | ==== Depuis les dépôts officiels ==== | + | ===== Installation ===== |
| + | ==== Via les dépôts Ubuntu ==== | ||
| - | L'installation de **R** est très simple : il suffit d'[[:gestionnaire_de_paquets|installer le paquet]] **[[apt://r-base|r-base]]**. | + | L'installation de **R** est très simple : il suffit d'[[:gestionnaire_de_paquets|installer le paquet]] **[[apt>r-base]]**. |
| - | R dispose de nombreuses fonctions supplémentaires disponibles sous la forme de paquets téléchargeables (un peu comme ubuntu). Pour pouvoir installer certains de ces paquets, il vous faut de quoi les compiler. C'est pourquoi il est aussi conseillé d'[[:gestionnaire_de_paquets|installer le paquet]] **[[apt://r-base-dev|r-base-dev]]**. | + | R dispose de nombreuses fonctions supplémentaires disponibles sous la forme de paquets téléchargeables (un peu comme ubuntu). Pour pouvoir installer certains de ces paquets, il vous faut de quoi les compiler. C'est pourquoi il est aussi conseillé d'[[:gestionnaire_de_paquets|installer le paquet]] **[[apt>r-base-dev|r-base-dev]]**. |
| - | ==== R sous Hardy pour les nuls ==== | + | ==== Via un mirroir du CRAN (version plus récente) ==== |
| - | Installer le paquet **[[apt://r-base|r-base]]** en cliquant sur son lien **[[apt://r-base|r-base]]** depuis un navigateur qui gère APT (Firefox par exemple). R est alors installé sur votre ordinateur mais vous ne voyez rien car il n'y a pas d'interface graphique. Pour l'interface, allez dans Synaptic et installez le paquet r-cran-rcmdr. Vous avez maintenant une interface graphique qu'on lance depuis un terminal avec: | + | |
| - | ~$ R | + | Source : [[https://mirror.ibcp.fr/pub/CRAN/]] |
| - | > library(Rcmdr) | + | |
| - | ==== Ubuntu 6.06 LTS ==== | + | <code> |
| + | # update indices | ||
| + | apt update -qq | ||
| + | # install two helper packages we need | ||
| + | apt install --no-install-recommends software-properties-common dirmngr | ||
| + | # add the signing key (by Michael Rutter) for these repos | ||
| + | # To verify key, run gpg --show-keys /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc | ||
| + | # Fingerprint: 298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9 | ||
| + | wget -qO- https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/marutter_pubkey.asc | sudo tee -a /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc | ||
| + | # add the R 4.0 repo from CRAN -- adjust 'focal' to 'groovy' or 'bionic' as needed | ||
| + | add-apt-repository "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu $(lsb_release -cs)-cran40/" | ||
| + | </code> | ||
| - | Sous Dapper, une manipulation en plus : | + | ==== Installer une interface graphique ==== |
| - | [[:tutoriel:comment_editer_un_fichier|Éditer le fichier]] des polices X11 **/etc/X11/xorg.conf** et rajouter dans la section « ''"Files"'' » à la suite des « //FontPath// » : | + | [[https://www.activestate.com/komodo-ide/downloads/edit|Komodo Edit]] est un éditeur polyvalent et //open-source// qui peut être mis en interface avec R grâce au module complémentaire [[http://www.sciviews.org/SciViews-R/|SciViews-R]]. |
| - | <file> | + | |
| - | FontPath "/usr/share/fonts/X11/misc" | + | |
| - | FontPath "/usr/share/fonts/X11/100dpi/:unscaled" | + | |
| - | FontPath "/usr/share/fonts/X11/75dpi/:unscaled" | + | |
| - | FontPath "/usr/share/fonts/X11/Type1" | + | |
| - | FontPath "/usr/share/fonts/X11/100dpi" | + | |
| - | FontPath "/usr/share/fonts/X11/75dpi" | + | |
| - | </file> | + | |
| - | Sauvegarder puis redémarrez. | + | [[http://www.rstudio.org/|RStudio]] est un nouvel environnement de développement intégré. RStudio propose de nombreuses fonctionnalités intéressantes, telles la coloration syntaxique, la gestion des fichiers Sweave et LaTeX, un tableur, un gestionnaire de librairies, etc. Pour l'installer, il suffit de télécharger le fichier .deb sur le site de [[http://www.rstudio.org/download/desktop|RStudio]] et de l'ouvrir à l'aide de la logithèque Ubuntu (option par défaut). |
| - | ==== Depuis les dépôts CRAN ==== | + | [[http://rkward.sourceforge.net/|RKward]] est une interface graphique de R pour KDE. [[:tutoriel:comment_installer_un_paquet|Installez le paquet]] **[[apt>rkward]]** pour en bénéficier. |
| - | (disponible depuis la Dapper ) | + | [[http://socserv.mcmaster.ca/jfox/Misc/Rcmdr/|Rcmdr]] est une interface graphique indépendante du système d'exploitation. [[:tutoriel:comment_installer_un_paquet|Installez le paquet]] **[[apt>r-cran-rcmdr]]** pour en bénéficier. |
| - | (Il n'y a pas de version 64 bits sous Dapper...) | + | |
| - | Pour avoir la dernière version de R, | + | [[http://rgedit.sourceforge.net/|rgedit]] est un plugin pour utiliser R avec [[gedit]]. Pour l'installer, télécharger la dernière version sur le site, extraire les fichiers dans .gnome2/gedit/plugins puis activer le pluging dans gedit, Édition-> Préférences->Greffons |
| - | [[:tutoriel:comment_modifier_sources_maj|Ajoutez le dépôt]] suivant à vos sources de mise à jour (et rechargez la liste des paquets) : | + | [[http://www.walware.de/goto/statet|StatET]] est un plugin pour utiliser R avec Eclipse. Il permet une reconnaissance syntaxique, offre un explorateur d'objet... Pour l'utiliser il faut installer le package rJava au préalable. |
| - | <file> | + | On peut aussi utiliser [[:emacs]] avec le mode ESS (emacs speaks statistics). |
| - | deb my.favorite.cran.mirror/bin/linux/ubuntu ubuntu_name/ | + | ===== Configuration ===== |
| - | </file> | + | |
| - | où ''my.favorite.cran.mirror'' est l'adresse du miroir disponible sur [[http://cran.r-project.org/mirrours.html|le site de CRAN]] et ''ubuntu_name'' est le nom de votre distribution Ubuntu. | + | Les commandes R que l'on souhaite voir exécutées au lancement sont à écrire dans un fichier ''~/.Rprofile''. |
| - | Exemple : pour une Feisty depuis le miroir de Lyon : | + | R_LIBS_USER="~/lib/R/library" |
| - | <file> | + | ===== Utilisation ===== |
| - | #CRAN-mirror for R | + | |
| - | deb http://cran.univ-lyon1.fr/bin/linux/ubuntu feisty/ | + | |
| - | </file> | + | |
| - | Ensuite, [[:tutoriel:comment_installer_un_paquet|installez le paquet]] **r-base** et répondez positivement à toutes les questions si vous désirez la dernière version. | + | Comme première approche, on peut simplement regarder les démonstrations des fonctionnalités du logiciel: |
| + | <code>R | ||
| + | R version 2.8.1 (2008-12-22) | ||
| + | [skip] | ||
| + | > demo() #montre toutes les démos disponibles | ||
| + | > demo(graphics) #lance une démo particulière | ||
| + | </code> | ||
| - | Afin de faciliter les mises à jour via l'interface graphique, il est possible d'enregistrer la clé d'authentification. | + | * En ligne de commande: R |
| - | Pour cela, taper dans un terminal : | + | * Avec l'interface KDE: Lancez RKward. |
| + | * Avec l'interface graphique R commander (Rcmdr): il faut ouvrir un terminal, lancer R puis charger Rcmdr : | ||
| + | <code>R | ||
| + | > library(Rcmdr)</code> | ||
| - | gpg --keyserver subkeys.pgp.net --recv-key E2A11821 | + | Si vous installez R avec les dépôts officiels Ubuntu //et// avec les dépots de CRAN (plus récents), vous aurez probablement deux versions de R, celle des dépots Ubuntu étant généralement lancée par: |
| - | gpg -a --export E2A11821 | sudo apt-key add - | + | <code>/usr/local/bin/R</code> |
| + | et celle de CRAN par: | ||
| + | <code>/usr/lib/R/bin/R</code> | ||
| - | ==== Installer une interface graphique ==== | + | La commande suivante vous permet de connaître le chemin de la version lancée par défaut: |
| + | <code>which R | ||
| + | > /usr/local/bin/R</code> | ||
| - | [[http://rkward.sourceforge.net/|RKward]] est une interface graphique de R pour KDE. [[:tutoriel:comment_installer_un_paquet|Installez le paquet]] **rkward** pour en bénéficier. | + | Puis lancer R en mode administrateur : |
| - | + | <code>sudo R | |
| - | [[http://socserv.mcmaster.ca/jfox/Misc/Rcmdr/|Rcmdr]] est une interface graphique indépendante du système d'exploitation. [[:tutoriel:comment_installer_un_paquet|Installez le paquet]] **r-cran-rcmdr** pour en bénéficier. Puis lancer R en mode administrateur: | + | library(Rcmdr)</code> |
| - | + | ||
| - | sudo R | + | |
| - | library(Rcmdr) | + | |
| Vous pourrez ensuite faire les mises à jours nécessaires des bibliothèques. | Vous pourrez ensuite faire les mises à jours nécessaires des bibliothèques. | ||
| + | ===== Premiers pas ===== | ||
| - | + | D'une façon générale, un grand nombre de bibliothèques est disponible dans les dépôts. Pour les charger dans R, rien de plus simple. Par exemple, pour charger la librairie RQuantLib (après l'avoir installé via synaptic) : | |
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| - | + | ||
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| - | ===== Lancement ===== | + | |
| - | + | ||
| - | * En ligne de commande: R | + | |
| - | * Avec l'interface KDE: Lancez RKward. | + | |
| - | * Avec l'interface graphique R commander (Rcmdr): il faut ouvrir un terminal, lancer R puis charger Rcmdr : | + | |
| - | + | ||
| - | ~$ R | + | |
| - | > library(Rcmdr) | + | |
| - | + | ||
| - | D'une façon générale, un grand nombre de bibliothèques est disponible dans les dépôts. Pour les charger dans R, rien de plus simple. Par exemple, pour charger la librairie RQuantLib : | + | |
| > library(RQuantLib); | > library(RQuantLib); | ||
| Ligne 109: | Ligne 101: | ||
| ~$ Rscript /chemin/test.R | ~$ Rscript /chemin/test.R | ||
| + | |||
| + | Pour importer un fichier csv (numérique, avec éventuellement 1ère ligne et 1ère colonne pour les noms de colonnes et lignes) : | ||
| + | > read.csv("monfichier.csv", sep=",", dec=".", header=TRUE); | ||
| + | |||
| + | Enfin pour lister les objets R de l'espace de travail : | ||
| + | > ls(); | ||
| ===== Manuels ===== | ===== Manuels ===== | ||
| Ligne 116: | Ligne 114: | ||
| * Un manuel assez complet est disponible [[http://cran.r-project.org/doc/contrib/Paradis-rdebuts_fr.pdf|ici]]. | * Un manuel assez complet est disponible [[http://cran.r-project.org/doc/contrib/Paradis-rdebuts_fr.pdf|ici]]. | ||
| * Une introduction au système R est disponible [[http://cran.univ-lyon1.fr/doc/contrib/Brostaux-Introduction-au-R.tar.gz|ici]]. | * Une introduction au système R est disponible [[http://cran.univ-lyon1.fr/doc/contrib/Brostaux-Introduction-au-R.tar.gz|ici]]. | ||
| - | * Un manuel de programmation en S est disponible [[http://cran.univ-lyon1.fr/doc/contrib/Goulet_introduction_programmation_S.pdf|ici]]. | + | * Un manuel de programmation en R est disponible [[http://cran.univ-lyon1.fr/doc/contrib/Goulet_introduction_programmation_R.pdf|ici]]. |
| + | * Un document complet d'introduction et de prise en main à destination des utilisateurs pas spécialement à l'aise en informatique est disponible [[http://alea.fr.eu.org/j/intro_R.html|ici]]. | ||
| ==== En anglais ou autre ==== | ==== En anglais ou autre ==== | ||
| - | Vous trouverez la documentation officielle [[http://cran.univ-lyon1.fr/manuals.html|ici]]. | + | * Vous trouverez la documentation officielle [[http://cran.univ-lyon1.fr/manuals.html|ici]]. |
| + | * On peut aussi consulter le wikibook [[https://en.wikibooks.org/wiki/R_Programming|R programming]]. | ||
| + | ===== Aide et support ===== | ||
| + | === En français === | ||
| + | * [[https://larmarange.github.io/analyse-R|analyse-R]] une série de tutoriels très complets et accessibles aux débutants sur l'analyse de données avec **R** | ||
| + | * [[http://abcdr.guyader.pro/|L'abcdR]] scripts et astuces **R** | ||
| + | * [[https://forums.cirad.fr/logiciel-R/index.php|Forum Web]] hébergé par le Cirad | ||
| + | * [[http://www.developpez.net/forums/f1179/autres-langages/autres-langages/r/|Forum Web]] du site developpez.net | ||
| + | * Canal IRC francophone sur R : #Rfr sur irc.freenode.net, ou via une [[http://java.freenode.net/index.php?channel=Rfr|interface Web]] (en Java) | ||
| + | * [[https://www.youtube.com/watch?v=sav3Mbe0_DM|Le Chat septique explique les bases de R et RStudio]] | ||
| ===== Sources ===== | ===== Sources ===== | ||
| - | * Site Web : [[http://www.r-project.org/]] | + | * [[http://www.r-project.org/|Site Web]], |
| - | * http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README | + | * [[http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README|sur Cran]] le readme. |
| + | |||
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| //Contributeurs : [[:utilisateurs:dkieffer]], [[:utilisateurs:utodeb]], eusèbe, [[:utilisateurs:hector]].// | //Contributeurs : [[:utilisateurs:dkieffer]], [[:utilisateurs:utodeb]], eusèbe, [[:utilisateurs:hector]].// | ||