Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
| Les deux révisions précédentes Révision précédente Prochaine révision | Révision précédente | ||
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r [Le 06/03/2016, 18:05] 41.142.217.120 [Configuration de R, il suffit de crée un fichier de lancement R vide et intitulé comme suit :] |
r [Le 11/09/2022, 11:08] (Version actuelle) moths-art Suppression des espaces en fin de ligne (détecté et corrigé via le bot wiki-corrector (https://forum.ubuntu-fr.org/viewtopic.php?id=2067892) |
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| - | {{tag>Dapper Gutsy éducation calcul_numérique}} | + | {{tag>Xenial Bionic éducation calcul_numérique}} |
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| Ligne 6: | Ligne 6: | ||
| //The R Project for Statistical Computing// | //The R Project for Statistical Computing// | ||
| - | http://www.r-project.org/ | + | |
| **R** est un logiciel libre permettant de faire des calculs statistiques (test de Student, Anova, ACP, Chi2, régressions, etc.) et de visualiser les résultats sous forme de graphiques, voire de rapports d'analyses complets. C'est aussi un langage de script, permettant d'écrire des programmes d'analyses statistiques complexes. C'est un logiciel en ligne de commande mais de nombreux projets d'applications graphiques dédiés sont développés autour de R. | **R** est un logiciel libre permettant de faire des calculs statistiques (test de Student, Anova, ACP, Chi2, régressions, etc.) et de visualiser les résultats sous forme de graphiques, voire de rapports d'analyses complets. C'est aussi un langage de script, permettant d'écrire des programmes d'analyses statistiques complexes. C'est un logiciel en ligne de commande mais de nombreux projets d'applications graphiques dédiés sont développés autour de R. | ||
| + | |||
| + | ===== Pré-requis ===== | ||
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| + | * Disposer des [[:sudo|droits d'administration]]. | ||
| + | * Disposer d'une connexion à Internet configurée et activée. | ||
| ===== Installation ===== | ===== Installation ===== | ||
| + | ==== Via les dépôts Ubuntu ==== | ||
| + | L'installation de **R** est très simple : il suffit d'[[:gestionnaire_de_paquets|installer le paquet]] **[[apt>r-base]]**. | ||
| + | R dispose de nombreuses fonctions supplémentaires disponibles sous la forme de paquets téléchargeables (un peu comme ubuntu). Pour pouvoir installer certains de ces paquets, il vous faut de quoi les compiler. C'est pourquoi il est aussi conseillé d'[[:gestionnaire_de_paquets|installer le paquet]] **[[apt>r-base-dev|r-base-dev]]**. | ||
| - | ==== Depuis les dépôts officiels ==== | + | ==== Via un mirroir du CRAN (version plus récente) ==== |
| - | L'installation de **R** est très simple : il suffit d'[[:gestionnaire_de_paquets|installer le paquet]] **[[apt://r-base|r-base]]**. | + | Source : [[https://mirror.ibcp.fr/pub/CRAN/]] |
| - | R dispose de nombreuses fonctions supplémentaires disponibles sous la forme de paquets téléchargeables (un peu comme ubuntu). Pour pouvoir installer certains de ces paquets, il vous faut de quoi les compiler. C'est pourquoi il est aussi conseillé d'[[:gestionnaire_de_paquets|installer le paquet]] **[[apt://r-base-dev|r-base-dev]]**. | + | |
| + | <code> | ||
| + | # update indices | ||
| + | apt update -qq | ||
| + | # install two helper packages we need | ||
| + | apt install --no-install-recommends software-properties-common dirmngr | ||
| + | # add the signing key (by Michael Rutter) for these repos | ||
| + | # To verify key, run gpg --show-keys /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc | ||
| + | # Fingerprint: 298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9 | ||
| + | wget -qO- https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/marutter_pubkey.asc | sudo tee -a /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc | ||
| + | # add the R 4.0 repo from CRAN -- adjust 'focal' to 'groovy' or 'bionic' as needed | ||
| + | add-apt-repository "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu $(lsb_release -cs)-cran40/" | ||
| + | </code> | ||
| - | ==== R pour les nuls ==== | + | ==== Installer une interface graphique ==== |
| - | Installer le paquet **[[apt://r-base|r-base]]** en cliquant sur son lien **[[apt://r-base|r-base]]** depuis un navigateur qui gère APT (Firefox par exemple), depuis synaptic ou encore en ligne de commande: | + | |
| - | sudo apt-get install r-base | + | |
| - | R est alors installé sur votre ordinateur mais vous ne voyez rien car il n'y a pas d'interface graphique. On peut le lancer depuis le terminal avec la commande R. Il existe plusieurs interfaces graphiques, dont RKward et Rcmdr, voir plus bas. | + | |
| - | Comme première approche, on peut simplement regarder les démonstrations des fonctionnalités du logiciel: | + | [[https://www.activestate.com/komodo-ide/downloads/edit|Komodo Edit]] est un éditeur polyvalent et //open-source// qui peut être mis en interface avec R grâce au module complémentaire [[http://www.sciviews.org/SciViews-R/|SciViews-R]]. |
| - | $ R | + | [[http://www.rstudio.org/|RStudio]] est un nouvel environnement de développement intégré. RStudio propose de nombreuses fonctionnalités intéressantes, telles la coloration syntaxique, la gestion des fichiers Sweave et LaTeX, un tableur, un gestionnaire de librairies, etc. Pour l'installer, il suffit de télécharger le fichier .deb sur le site de [[http://www.rstudio.org/download/desktop|RStudio]] et de l'ouvrir à l'aide de la logithèque Ubuntu (option par défaut). |
| - | R version 2.8.1 (2008-12-22) | + | |
| - | [skip] | + | |
| - | > demo() #montre toutes les démos disponibles | + | |
| - | > demo(graphics) #lance une démo particulière | + | |
| + | [[http://rkward.sourceforge.net/|RKward]] est une interface graphique de R pour KDE. [[:tutoriel:comment_installer_un_paquet|Installez le paquet]] **[[apt>rkward]]** pour en bénéficier. | ||
| + | [[http://socserv.mcmaster.ca/jfox/Misc/Rcmdr/|Rcmdr]] est une interface graphique indépendante du système d'exploitation. [[:tutoriel:comment_installer_un_paquet|Installez le paquet]] **[[apt>r-cran-rcmdr]]** pour en bénéficier. | ||
| - | ==== Depuis les dépôts CRAN ==== | + | [[http://rgedit.sourceforge.net/|rgedit]] est un plugin pour utiliser R avec [[gedit]]. Pour l'installer, télécharger la dernière version sur le site, extraire les fichiers dans .gnome2/gedit/plugins puis activer le pluging dans gedit, Édition-> Préférences->Greffons |
| - | (disponible depuis la Dapper ) | + | [[http://www.walware.de/goto/statet|StatET]] est un plugin pour utiliser R avec Eclipse. Il permet une reconnaissance syntaxique, offre un explorateur d'objet... Pour l'utiliser il faut installer le package rJava au préalable. |
| - | (Il n'y a pas de version 64 bits sous Dapper...) | + | |
| - | Pour avoir la dernière version de R, | + | On peut aussi utiliser [[:emacs]] avec le mode ESS (emacs speaks statistics). |
| + | ===== Configuration ===== | ||
| - | ajoutez la clé de serveur: | + | Les commandes R que l'on souhaite voir exécutées au lancement sont à écrire dans un fichier ''~/.Rprofile''. |
| - | <file>sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9 </file> | + | R_LIBS_USER="~/lib/R/library" |
| - | [[:tutoriel:comment_modifier_sources_maj|Ajoutez le dépôt]] suivant à vos sources de mise à jour (et rechargez la liste des paquets) : | + | ===== Utilisation ===== |
| - | <file> | + | Comme première approche, on peut simplement regarder les démonstrations des fonctionnalités du logiciel: |
| - | deb my.favorite.cran.mirror/bin/linux/ubuntu ubuntu_name/ | + | <code>R |
| - | </file> | + | R version 2.8.1 (2008-12-22) |
| - | + | [skip] | |
| - | où ''my.favorite.cran.mirror'' est l'adresse du miroir disponible sur [[http://cran.r-project.org/mirrors.html|le site de CRAN]] et ''ubuntu_name'' est le nom de votre distribution Ubuntu. | + | > demo() #montre toutes les démos disponibles |
| - | + | > demo(graphics) #lance une démo particulière | |
| - | Exemple : pour une Feisty depuis le miroir de Lyon : | + | </code> |
| - | + | ||
| - | <file> | + | |
| - | #CRAN-mirror for R | + | |
| - | deb http://cran.univ-lyon1.fr/bin/linux/ubuntu feisty/ | + | |
| - | </file> | + | |
| - | Attention : Le slash "/" après le nom de distribution est important sinon votre fichier sources.list ne sera pas lu correctement. | + | |
| - | + | ||
| - | Ensuite, [[:tutoriel:comment_installer_un_paquet|installez le paquet]] **r-base** et répondez positivement à toutes les questions si vous désirez la dernière version. | + | |
| - | + | ||
| - | Afin de faciliter les mises à jour via l'interface graphique, il est possible d'enregistrer la clé d'authentification. | + | |
| - | Pour cela, taper dans un terminal : | + | |
| - | + | ||
| - | gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-key E084DAB9 | + | |
| - | gpg -a --export E084DAB9 | sudo apt-key add - | + | |
| - | + | ||
| - | + | ||
| - | ==== Configuration de R ==== | + | |
| - | + | ||
| - | + | ||
| - | "~/.Rprofile" | + | |
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| - | + | ||
| - | ===== Lancement ===== | + | |
| * En ligne de commande: R | * En ligne de commande: R | ||
| * Avec l'interface KDE: Lancez RKward. | * Avec l'interface KDE: Lancez RKward. | ||
| * Avec l'interface graphique R commander (Rcmdr): il faut ouvrir un terminal, lancer R puis charger Rcmdr : | * Avec l'interface graphique R commander (Rcmdr): il faut ouvrir un terminal, lancer R puis charger Rcmdr : | ||
| - | + | <code>R | |
| - | ~$ R | + | > library(Rcmdr)</code> |
| - | > library(Rcmdr) | + | |
| Si vous installez R avec les dépôts officiels Ubuntu //et// avec les dépots de CRAN (plus récents), vous aurez probablement deux versions de R, celle des dépots Ubuntu étant généralement lancée par: | Si vous installez R avec les dépôts officiels Ubuntu //et// avec les dépots de CRAN (plus récents), vous aurez probablement deux versions de R, celle des dépots Ubuntu étant généralement lancée par: | ||
| - | + | <code>/usr/local/bin/R</code> | |
| - | ~$ /usr/local/bin/R | + | |
| et celle de CRAN par: | et celle de CRAN par: | ||
| - | + | <code>/usr/lib/R/bin/R</code> | |
| - | ~$ /usr/lib/R/bin/R | + | |
| La commande suivante vous permet de connaître le chemin de la version lancée par défaut: | La commande suivante vous permet de connaître le chemin de la version lancée par défaut: | ||
| + | <code>which R | ||
| + | > /usr/local/bin/R</code> | ||
| - | ~$ which R | + | Puis lancer R en mode administrateur : |
| - | > /usr/local/bin/R | + | <code>sudo R |
| + | library(Rcmdr)</code> | ||
| + | Vous pourrez ensuite faire les mises à jours nécessaires des bibliothèques. | ||
| ===== Premiers pas ===== | ===== Premiers pas ===== | ||
| Ligne 135: | Ligne 119: | ||
| ==== En anglais ou autre ==== | ==== En anglais ou autre ==== | ||
| - | * Vous trouverez la documentation officielle [[http://cran.univ-lyon1.fr/manuals.html|ici]]. | + | * Vous trouverez la documentation officielle [[http://cran.univ-lyon1.fr/manuals.html|ici]]. |
| - | * On peut aussi consulter le wikibook [[http://en.wikibooks.org/wiki/R_Programming|R programming]]. | + | * On peut aussi consulter le wikibook [[https://en.wikibooks.org/wiki/R_Programming|R programming]]. |
| ===== Aide et support ===== | ===== Aide et support ===== | ||
| === En français === | === En français === | ||
| - | * [[http://abcdr.guyader.pro/|L'abcdR]] scripts et astuces R | + | * [[https://larmarange.github.io/analyse-R|analyse-R]] une série de tutoriels très complets et accessibles aux débutants sur l'analyse de données avec **R** |
| - | * [[http://forums.cirad.fr/logiciel-R/index.php|Forum Web]] hébergé par le Cirad | + | * [[http://abcdr.guyader.pro/|L'abcdR]] scripts et astuces **R** |
| + | * [[https://forums.cirad.fr/logiciel-R/index.php|Forum Web]] hébergé par le Cirad | ||
| * [[http://www.developpez.net/forums/f1179/autres-langages/autres-langages/r/|Forum Web]] du site developpez.net | * [[http://www.developpez.net/forums/f1179/autres-langages/autres-langages/r/|Forum Web]] du site developpez.net | ||
| * Canal IRC francophone sur R : #Rfr sur irc.freenode.net, ou via une [[http://java.freenode.net/index.php?channel=Rfr|interface Web]] (en Java) | * Canal IRC francophone sur R : #Rfr sur irc.freenode.net, ou via une [[http://java.freenode.net/index.php?channel=Rfr|interface Web]] (en Java) | ||
| + | * [[https://www.youtube.com/watch?v=sav3Mbe0_DM|Le Chat septique explique les bases de R et RStudio]] | ||
| ===== Sources ===== | ===== Sources ===== | ||
| - | * Site Web : [[http://www.r-project.org/]] | + | * [[http://www.r-project.org/|Site Web]], |
| - | * http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README | + | * [[http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README|sur Cran]] le readme. |
| + | |||
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| //Contributeurs : [[:utilisateurs:dkieffer]], [[:utilisateurs:utodeb]], eusèbe, [[:utilisateurs:hector]].// | //Contributeurs : [[:utilisateurs:dkieffer]], [[:utilisateurs:utodeb]], eusèbe, [[:utilisateurs:hector]].// | ||