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Gestion bibliographique : Bibus

Bibus est un logiciel qui permet d'insérer des références bibliographiques et des citations dans OpenOffice et même dans Word (pour les irréductibles). Pour les utilisateurs de Ubuntu 9.10 et ultérieurs, seule la partie concernant l'import de bibliographies en provenance d'autres logiciels reste valide.

Bibus nécessite la version 2.x de Python pour fonctionner avec OpenOffice ou LibreOffice. LibreOffice est passé à la version 3.3 de Python depuis sa version 4.0: il faut attendre que Bibus procède à une mise à niveau vers Python 3 pour insérer des références directement dans LibreOffice

Prérequis

Installation

Ubuntu 9.10 et ultérieures

Ubuntu 8.04 LTS

  • Ouvrez un terminal et saisissez la commande suivante :
wget -q http://switch.dl.sourceforge.net/sourceforge/bibus-biblio/pmartino.gpgkey -O- | sudo apt-key add -
deb http://switch.dl.sourceforge.net/sourceforge/bibus-biblio ./

Utilisation/Configuration

Premier lancement (Ubuntu 8.04 LTS)

Par défaut la sécurité concernant les macros peut être à un niveau trop élevé (refus des macros non signées) pour permettre à Bibus d'initier correctement la communication avec OpenOffice. Il faut donc la diminuer un peu dans le menu : Outils > Options > OpenOffice.org > Sécurité > Sécurité des Macros > puis cliquez sur "Niveau de sécurité moyen" (demande à l'utilisateur s'il veut utiliser la macro).

Il suffit de lancer bibus (applications>bureautique>Base de données bibliographiques Bibus).

Un écran d'accueil de première connexion est ouvert, choisissez Openoffice et cliquez sur "suivant"

Cliquez sur le bouton "activer" ce qui lance OpenOffice (si tout est OK)

  • Acceptez l'utilisation des macros
  • Dans le document, cliquez le bouton "Accept UNO connections"
  • Fermez OpenOffice

Cliquez sur "Suivant"

Entrez le nom d'utilisateur de la base de données (votre login par exemple) et cliquez sur "suivant"

Indiquez un chemin et un nom à votre base de données bibliographique (/home/user/base-bibus par exemple)

Insérer une référence dans un document OpenOffice

Si vous venez d'installer bibus et d'activer la communication avec OpenOffice, pensez à redémarrer celui-ci (même le chargement rapide). Il faut avoir le document texte ouvert avec OOo ET Bibus ouvert également. Il faut également avoir des références dans sa base (ça ne marche pas directement depuis l'interrogation de pubMed). Donc essayez de récupérer une référence sur pubMed et copiez-la de "requêtes" vers "références". Sélectionnez la référence à insérer puis choisissez dans le menu "openoffice.org" l'action "insérer la citation"…. tadaaaaa! ça doit s'insérer tout seul. Si on veut avoir un aperçu de ce que ça donnera il faut, dans bibus toujours, cliquer sur "openoffice.org/formater la bibliographie". Pour le rendu final, il faut utiliser "openoffice.org/finaliser"

Je vous laisse découvrir les options de mise en page via le menu "style". C'est un résultat tout à fait comparable avec ce qui est obtenu avec des logiciels payants….

Importer une base de données bibliographiques depuis un autre logiciel

Depuis EndNote

Pour importer une base de données bibliographiques de EndNote vers Bibus il faut :

  • Dans Endnote : choisir le style "Export Refer" puis choisir "Exporter au format txt".
  • Dans Bibus : choisir "import Refer (Endnote)" prendre le code page cp1252 et normalement la base devrait être importée sans souci (seuls les liens internet vers pubMed sont perdus)

méthode qui marche sous win xp avec endnote 9 : "file" "Export …" choisis Save as type "XML" et enfin "save" puis dans bibus "File" "import" "XML from endnote" (tout en bas), … avec codec utf_8 (le 4ieme) en 2'zcondes) et pouf …

Depuis RefWorks

Refworks est un logiciel de gestion de références en ligne. (payant)

  • Dans Refworks : choisir le style "Bibliographic Software (EndNote,Reference Manager,ProCite)" puis choisir "télécharger".
  • Dans Bibus : choisir "RIS"

Depuis Reference Manager

Pour importer une base de données bibliographiques de Reference Manager vers Bibus il faut :

  • Dans Reference Manager : dans "File" "Export", tout sélectionner et choisir le format "RIS".
  • Sous Linux : ouvrir le fichier contenant les références, les copier dans un fichier vierge (créé avec gedit p.e.).
  • Dans Bibus : dans "File" "Import" choisir "RIS"

Connexion internet derrière un serveur proxy

Si votre connexion internet passe par un proxy, Bibus sera incapable de récupérer les citations sur PubMed. Ma demi-solution : avec un script ça fonctionne…

Créez un script de lancement bibus.sh comme suit :

gedit /home/nomutilisateur/dossier/bibus.sh

taper le code suivant :

#!/bin/sh
    export http_proxy="http://proxy.domaine.fr:3128"
    /usr/bin/bibus

Il ne reste plus qu'à éditer le raccourci qui pointe dans le menus applications>bureautique>bibus (via applications>outils système>Editeur du menu applications sous breezy ou applications>accessoires>Editeur de menu Alacarte sous dapper) et remplacer dans le champ "command" (via clic droit>propriété) "bibus" par "sh /home/nomutilisateur/dossier/bibus.sh".

Problèmes connus

Chez certains utilisateurs qui ont fortement "customisé" leur distribution ou qui utilisent des versions différentes d'OpenOffice (autres que celle du dépôt) des étapes supplémentaires peuvent être nécessaires :

Bibus refuse de se lancer :

Dans ce cas essayez de rentrer ce code (merci strataoïde)

sudo ldconfig -v /usr/lib/openoffice2/program

Bibus refuse d'ouvrir OpenOffice au premier lancement :

Continuez le processus et déclarez votre nom d'utilisateur et le chemin vers votre base de données bibliographiques. Puis recherchez et ouvrez le fichier "/usr/share/bibus/setup/UnoConnectionListener.sxd" Cela permettra d'activer la connexion entre bibus et OpenOffice.

Erreur "file is encrypted or is not a database"

Bibus refuse d'ouvrir une base de données SQLite crée précédemment.

Installer le paquet python-pysqlite2 devrait résoudre le problème.

En cas de problème ?

En cas de problème en cours d'installation, ou pour re-initialiser bibus, effacez simplement le fichier ".bibus" qui se trouve dans votre répertoire "home". La prochaine fois que vous lancerez Bibus il vous faudra refaire les étapes décrites lors du premier lancement.

Note(s)

Contrairement à ses concurrents payants, Bibus est "open source". Si vous créez des styles de mise en page répondant aux spécifications de journaux, pensez à en faire profiter la communauté en les déposant sur le site de bibus : http://bibus-biblio.sourceforge.net Le site utilise la machine Wiki de Wikipedia. Vous pouvez donc créer une page librement et y attacher un style pour que tout le monde puisse en profiter. Le mieux c'est de le zipper ou gzipper pour éviter les problèmes de conversion de retour ligne unix/windows. (merci à Pierre Martineau pour ces précisions)

Voir aussi



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